提供营养底物：许多药食同源产品中的成分如膳食纤维（菊粉、魔芋多糖等），在人体肠道内不能被自身消化酶分解，但可以被肠道菌群利用。这些成分作为益生元，为有益菌（如双歧杆菌和乳酸杆菌）提供发酵底物。例如，双歧杆菌能够利用菊粉发酵产生短链脂肪酸（SCFAs），主要包括乙酸、丙酸和丁酸。

促进有益菌生长繁殖：通过提供营养，益生元样成分选择性地刺激有益菌的生长和活性，增加其在肠道菌群中的相对丰度。有益菌的大量繁殖有助于它们在肠道内占据优势地位，从而竞争性地抑制有害菌的生长。例如，当双歧杆菌数量增多时，它们会消耗肠道内的营养物质和空间，使得有害菌（如艰难梭菌）的生存资源减少。

改变肠道环境：有益菌发酵益生元产生的短链脂肪酸可以降低肠道的 pH 值。这种酸性环境不利于有害菌（如大肠杆菌等中性或偏碱性环境生长的细菌）的生长，同时为有益菌创造更适宜的生存条件。而且，短链脂肪酸还能为肠道上皮细胞提供能量，促进肠道黏膜的修复和生长，增强肠道屏障功能，进一步抵御有害菌的入侵。

直接抑制有害菌生长：药食同源产品中的一些成分具有抗菌活性。例如，黄连素是黄连中的主要生物碱成分，它对多种肠道病原菌如痢疾杆菌、大肠杆菌等有明显的抑制作用。黄连素可以干扰细菌的细胞壁合成、破坏细菌的细胞膜结构或者影响细菌内的蛋白质合成等过程，从而抑制有害菌的生长和繁殖。

调节细菌黏附：某些成分能够阻止有害菌在肠道黏膜的黏附。例如，一些多酚类化合物（如蓝莓中的花青素）可以覆盖在肠道黏膜表面，或者与细菌的黏附因子结合，阻止有害菌（如金黄色葡萄球菌）在肠道黏膜上定植，减少有害菌对肠道的损害。

抑制有害菌毒素产生：部分成分还可以抑制有害菌毒素的产生。比如，一些植物提取物能够干扰有害菌（如艰难梭菌）的毒素合成途径，降低毒素对肠道细胞的损伤，减轻肠道炎症，有助于维持肠道菌群的平衡。

增强肠道免疫屏障：药食同源产品中的成分可以刺激肠道相关淋巴组织的发育和功能。例如，枸杞多糖等成分能激活肠道内的免疫细胞（如巨噬细胞、树突状细胞等），使它们更好地识别和清除有害菌。同时，这些免疫细胞在激活过程中会释放一些细胞因子，如白细胞介素 - 10（IL - 10）等，有助于维持肠道的免疫平衡。

调节免疫反应强度：一些成分能够调节肠道的免疫反应强度，避免过度的免疫反应对肠道菌群的破坏。例如，人参皂苷可以调节 T 细胞的功能，防止免疫系统对肠道菌群产生过度的免疫应答。当肠道菌群发生变化时，合理的免疫调节可以使免疫系统正确地识别有害菌并清除它们，同时保护有益菌，维持肠道菌群的稳定。

改善肠道炎症状态：炎症会导致肠道菌群失调，而许多药食同源成分可以减轻肠道炎症。例如，姜黄中的姜黄素具有抗炎作用，它可以抑制炎症相关信号通路（如核因子 - κB，NF - κB 通路）的激活，减少炎症细胞因子（如肿瘤坏死因子 - α，TNF - α）的释放，从而改善肠道炎症环境。在炎症减轻后，肠道菌群的平衡也更容易恢复。