这是一种基础的检查方式，虽然它不能直接详细呈现肠道菌群的具体情况，但可以通过观察粪便的一些特征，为判断肠道菌群状态提供初步线索。
粪便性状：正常的粪便应该是成形的、软硬适中。如果粪便出现不成形（如稀便、水样便）或干结等异常情况，可能提示肠道菌群失衡影响了肠道的正常消化和吸收功能，进而影响粪便的形成。例如，当肠道有益菌减少、有害菌增多时，可能导致腹泻，使粪便变稀。
颜色：正常粪便颜色一般为黄褐色。某些肠道菌群异常情况可能会导致粪便颜色改变，比如当肠道内某些细菌过度生长，可能使粪便颜色变浅或变深等，但这并不是绝对的判断依据，还需结合其他检查。
有无潜血：如果粪便潜血试验阳性，可能提示肠道存在炎症、溃疡或其他病变，而这些情况也可能与肠道菌群失衡有关，因为肠道菌群失衡可能引发肠道炎症，进而导致肠道黏膜损伤出现潜血情况。
革兰染色镜检：通过对粪便样本进行革兰染色后在显微镜下观察。可以区分出革兰阳性菌和革兰阴性菌的大致比例和形态等情况。正常肠道菌群中，革兰阳性菌（如双歧杆菌等）和革兰阴性菌（如大肠杆菌等）有相对稳定的比例和分布。如果观察到革兰阳性菌和革兰阴性菌的比例明显失衡，比如革兰阳性菌大量减少或革兰阴性菌过度增多，可能提示肠道菌群出现异常。此外，还能观察到细菌的形态是否正常，若出现细菌形态异常，也可能是肠道菌群不正常的表现。
特殊染色镜检：除了革兰染色，有时还会采用一些特殊染色方法，如抗酸染色等，用于检测肠道内是否存在特殊类型的细菌（虽然在肠道中这类情况相对少见），进一步完善对肠道菌群的排查。
将粪便样本接种到特定的培养基上，在适宜的条件下进行培养，然后观察培养出的细菌种类、数量以及它们对不同药物的敏感性等情况。
确定常见病原菌：通过粪便培养可以确定是否存在某些致病性细菌，如沙门氏菌、志贺氏菌等，这对于判断肠道是否存在感染以及感染源非常重要。同时，这些致病性细菌的存在也可能影响肠道正常菌群的平衡，导致肠道菌群不正常。
了解正常菌群生长情况：虽然粪便培养不能全面准确地反映肠道菌群的真实全貌，但可以了解一些常见的肠道正常菌群的生长情况，比如双歧杆菌、大肠杆菌等在培养基上的生长状况。如果发现某些正常菌群生长异常（如生长缓慢、数量过少等），也可能提示肠道菌群存在问题。
聚合酶链反应（PCR）技术：可以针对肠道菌群中特定的基因片段进行扩增和检测。
检测特定细菌：通过设计针对常见有益菌（如双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等）和致病性细菌的特异性引物，能够快速准确地检测出这些细菌是否存在于肠道样本中，并且可以定量分析它们的相对含量。这有助于了解肠道菌群中特定细菌的存在情况以及它们的数量是否正常。
判断菌群变化趋势：通过定期进行 PCR 检测，可以观察到肠道菌群中特定细菌的数量变化趋势，比如某种有益菌的数量是在增加还是减少，从而判断肠道菌群是否朝着正常或不正常的方向发展。
基因测序技术：
16S rRNA 基因测序：这是目前应用较为广泛的检测肠道菌群的方法之一。肠道细菌的 16S rRNA 基因具有高度保守性和特异性，通过对粪便样本中细菌的 16S rRNA 基因进行测序，可以确定肠道菌群的种类、相对丰度等信息。它可以检测到大量的未知细菌种类，提供了非常全面的肠道菌群构成情况，有助于准确判断肠道菌群是否正常以及了解其多样性和群落结构。
宏基因组测序：比 16S rRNA 基因测序更加全面深入，它不仅可以分析肠道菌群的种类和相对丰度，还能直接对肠道菌群的全基因组进行测序，从而了解细菌的功能基因、代谢途径等更多信息。通过宏基因组测序，可以更准确地把握肠道菌群在人体健康和疾病状态下的作用机制，进而判断肠道菌群是否正常。
肠道菌群在代谢过程中会产生各种各样的代谢产物，如短链脂肪酸（乙酸、丙酸、丁酸等）、气体（氢气、甲烷等）、维生素（如维生素 K 等）等。通过检测这些代谢产物的含量和种类，可以间接了解肠道菌群的代谢状态和活性情况。
综合运用以上多种检查方法，可以更全面、准确地判断肠道菌群是否正常。在实际临床应用中，医生会根据患者的具体情况，如是否存在肠道疾病症状、是否怀疑有特定细菌感染等，选择合适的一种或多种检查方法来进行评估。
