大便常规检查不能全面地检查肠道菌群，但可以提供一些关于肠道菌群的间接线索。
大便常规的内容及对肠道菌群的间接提示
外观和性状：正常大便为成形软便。如果大便呈稀水样便或糊状便，可能提示肠道菌群失调导致腹泻，例如当有害菌大量繁殖或者有益菌数量减少时，肠道对水分的吸收和粪便的成型过程可能会受到影响。但仅凭大便的外观和性状很难判断是哪种细菌出现了问题。
颜色：大便颜色也能在一定程度上反映肠道情况。正常大便颜色通常为黄褐色。如果大便颜色异常，如出现黑色（可能是上消化道出血）或陶土样色（可能是胆道梗阻），这与肠道菌群可能没有直接关联，但如果肠道菌群失调引发了肠道疾病，进而导致消化道出血等情况，大便颜色也会随之改变。
显微镜检查：大便常规的显微镜检查主要是观察有无红细胞、白细胞、寄生虫卵等。其中白细胞增多可能提示肠道有炎症，而肠道菌群失调有可能引发肠道炎症，使得白细胞进入肠腔。例如，当艰难梭菌感染导致菌群失调时，会引起肠道炎症，在大便中可以检测到白细胞增多。不过，这也不能直接说明肠道菌群的具体组成情况。
大便常规与肠道菌群检测的差异
肠道菌群检测方法的优势：专门的肠道菌群检测方法，如 16S rRNA 基因测序或宏基因组测序，可以精准地确定肠道中存在的细菌种类以及它们的相对丰度。还能检测真菌和病毒等微生物，并且可以评估微生物的多样性，包括物种多样性和功能多样性。例如，通过这些检测可以明确双歧杆菌等有益菌在肠道菌群中的比例是否正常，或者是否存在有害菌过度生长的情况。
大便常规的局限性：大便常规检查主要侧重于检测大便中的有形成分，如细胞、寄生虫等，对于肠道菌群只是一种非常粗略的观察。它无法像肠道菌群检测那样深入了解微生物群落的结构和功能，不能准确分辨各种细菌的种类和数量，也不能检测微生物的代谢产物等与肠道菌群健康密切相关的指标。