胃肠道菌群失调会引发多种症状，主要包括以下几个方面：
一、消化系统症状
腹泻
肠道菌群失调时，有害菌可能会增多并占据优势，这些有害菌产生的毒素或者其本身的代谢活动可能刺激肠道黏膜，导致肠道蠕动加快。
例如，艰难梭菌感染后会产生毒素，引起肠黏膜炎症和大量液体分泌，进而导致腹泻。同时，有益菌数量减少，无法正常发挥维持肠道内环境稳定的作用，如不能有效地分解食物、吸收水分，也会促使腹泻发生。腹泻的频率和粪便的性状因个体差异和菌群失调的程度而不同，可能是稀便、水样便，每天数次甚至数十次。
便秘
当菌群失调导致有益菌（如双歧杆菌和乳酸杆菌）减少时，肠道蠕动可能会减慢。这是因为这些有益菌能够产生一些促进肠道蠕动的物质，如短链脂肪酸。
此外，有害菌的某些代谢产物可能改变肠道的神经调节，使肠道的推进性蠕动减弱。食物残渣在肠道内停留时间过长，水分被过度吸收，就会导致大便干结、排便困难，出现便秘症状。这种便秘可能是持续性的，也可能是间歇性的。
腹痛和腹胀
菌群失调引发的肠道炎症、气体产生过多或者肠道痉挛等情况都可能导致腹痛和腹胀。有害菌在肠道内发酵未完全消化的食物，会产生大量气体，如氢气、甲烷等。
例如，产气荚膜梭菌等有害菌大量繁殖时，会产生过多气体，引起腹胀。同时，肠道菌群的变化可能影响肠道的神经 - 肌肉调节，导致肠道痉挛，出现腹痛症状，疼痛的性质多样，如隐痛、胀痛或绞痛。
消化不良
胃肠道菌群在食物的消化过程中起着重要作用。菌群失调后，有益菌数量减少，其对食物的分解和发酵能力下降，会导致消化不良。
例如，一些有益菌能够帮助分解乳糖、蛋白质和复杂的碳水化合物。当这些细菌减少时，人体可能会出现乳糖不耐受、对某些食物消化困难等情况，表现为进食后饱胀感、恶心、呕吐、食欲不振等症状。
二、免疫系统相关症状
过敏反应增强
正常的肠道菌群对免疫系统的发育和调节起着关键作用。菌群失调可能导致免疫系统异常，使身体对一些原本耐受的物质产生过敏反应。
例如，肠道菌群失衡可能破坏肠道黏膜屏障，使得一些过敏原更容易进入人体，同时免疫系统的调节功能紊乱，对这些过敏原过度反应，引发皮肤瘙痒、皮疹、打喷嚏、流鼻涕、眼睛发痒等过敏症状，对食物、花粉、尘螨等过敏原的敏感性增加。
易感染
健康的肠道菌群可以帮助人体抵御病原菌的入侵。当菌群失调时，肠道的免疫防御功能减弱，人体更容易受到各种病原体的感染。
比如，容易患上肠道感染，出现腹泻、发热等症状，也可能增加呼吸道感染、泌尿系统感染等其他部位感染的频率，这是因为肠道菌群失调可能影响了全身的免疫系统功能。
三、其他症状
口臭
肠道菌群失调可能导致口腔异味。这是因为肠道内的有害菌产生的某些代谢产物，如硫化氢、吲哚等，会通过血液循环到达口腔，或者这些物质在肠道内被吸收后影响口气。
例如，当肠道内的细菌分解蛋白质产生过多的吲哚时，就可能出现口臭症状，这种口臭通过刷牙、漱口等口腔清洁措施可能无法有效消除。
营养缺乏
胃肠道菌群失调会影响营养物质的吸收。有益菌减少可能导致维生素（如维生素 K、部分 B 族维生素）、矿物质等营养物质的合成和吸收减少。
长期菌群失调可能引起营养缺乏的症状，如贫血（可能是由于维生素 B12 或铁吸收不足）、骨质疏松（可能与钙吸收不良有关）等，还可能导致体重下降、乏力等全身症状。